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Le virome de la vigne continue à s’enrichir…

Mis à jour le 23/01/2018
Publié le 23/01/2018
Mots-clés : SMaCH - 3PERF-2 - SPE

Les approches de séquençage haut débit, couplées à des analyses bioinformatiques, ont révolutionné notre capacité à détecter et à caractériser les virus présents dans un échantillon biologique. Appliquées à la vigne ou à des champignons infectant celle-ci, elles révèlent graduellement des pans entiers du virome de cette espèce végétale emblématique, avec l’identification de nouveaux virus, ou la découverte de la présence en France de virus récemment décrits.

  • Contexte et enjeux

Symptômes d'enroulement viral sur vigne-1. © Inra, Thierry Candresse / UMR BFP
Symptômes d'enroulement viral sur vigne-1 © Inra, Thierry Candresse / UMR BFP
Parmi les agents pathogènes des plantes, les virus sont particulièrement mal connus et contribuent à près de 50% des maladies émergentes. Il est donc important d’avoir une meilleure compréhension de leur diversité, de leur distribution et de leur prévalence, tant dans les espèces cultivées que dans les milieux naturels. Les mycovirus, qui infectent les champignons, sont encore plus mal connus, malgré le potentiel qu’ils pourraient représenter en tant qu’agents de lutte biologique. Les approches couplées de séquençage haut débit et d’analyses bioinformatiques révolutionnent notre capacité à décrire et à analyser le virome (l’ensemble des virus) des espèces végétales ou fongiques. De cette connaissance renouvelée des viromes naissent des problématiques sur le rôle, bénéfique ou négatif, des agents viraux ainsi découverts, ou sur leur utilisation éventuelle en lutte biologique.

  • Résultats

A l’aide des approches performantes qu’elle a développé et en collaboration avec plusieurs équipes de l’INRA (UMR SVQV Colmar ; UMR SAVE Bordeaux, UMR AGAP Montpellier, UE Domaine de Vassal) et de l’IFV et avec le soutien de l’INRA et du CIVB, l’équipe de virologie de l’UMR 1332 BFP (Bordeaux) a entrepris une analyse du virome de la vigne et des champignons phytopathogènes qui l’attaquent.

Symptômes d'enroulement viral sur vigne-2. © Inra, Thierry Candresse / UMR BFP
Symptômes d'enroulement viral sur vigne-2 © Inra, Thierry Candresse / UMR BFP

Plusieurs espèces virales récemment décrites ont ainsi été identifiées pour la première fois dans des vignes Françaises : Grapevine asteroid mosaic-associated virus, Grapevine Satellite Virus, Grapevine hammerhead viroid-like RNA (voir publications) et plusieurs virus de vigne (Grapevine virus H) ou mycovirus (Neofusicoccum luteum fusarivirus 1, Neofusicoccum luteum mitovirus 1). Plusieurs autres virus de vigne ou mycovirus de pathogènes de la vigne sont par ailleurs en cours de caractérisation. Des travaux parallèles conduits à l’étranger révèlent eux aussi une diversité virale insoupçonnée chez la vigne pourtant très étudiée et chez laquelle plus de 70 virus ont déjà été décrits. C’est donc bien une vision fortement renouvelée du virome et du mycovirome de vigne (et des autres espèces végétales) qui est en train d’émerger et, avec elle, de nombreuses questions en termes de diagnostic, d’étiologie, de stratégie pour la gestion ou l’exploitation des nouveaux agents viraux ainsi identifiés.

  • Perspectives

Les perspectives sur le court terme portent sur la poursuite de la caractérisation et la description des autres nouveaux virus identifiés. Le développement de techniques RT-PCR de détection permettra de commencer à analyser la distribution, la prévalence et la diversité de ces agents, ainsi que leur contribution éventuelle à des syndromes ou désordres physiologiques chez la vigne. S’agissant des mycovirus, les perspectives sont un peu plus lointaines mais tout aussi excitantes puisqu’il s’agira d’évaluer si certains des virus ainsi identifiés peuvent présenter un intérêt en tant qu’agents de lutte biologique.

  • Valorisation

Pour les virus de vigne, la valorisation à court terme de leur découverte et de leur caractérisation porte sur le développement de nouveaux tests de diagnostic ou sur l’optimisation de tests existants. Ceci permettra en particulier de mieux contrôler la qualité sanitaire du matériel initial et de base diffusé aux pépiniéristes ou de mieux sécuriser les échanges internationaux. Ainsi qu’indiqué ci-dessus, la valorisation la plus directe des mycovirus serait leur emploi en lutte biologique mais de nombreux efforts seront sans doute nécessaires avant d’en arriver là.

  • Références bibliographiques

- Candresse, T., Theil, S., Faure, C., Marais, A. (2017). Determination of the complete genomic sequence of Grapevine virus H, a novel Vitivirus infecting grapevine. Archives of Virology, Online first, doi: 10.1007/s00705-017-3587-7.
- Marais, A., Nivault, A., Faure, C., Comont, G., Theil, S., Candresse, T., Corio-Costet, M.F. (2017). Molecular characterization of a novel fusarivirus infecting the plant pathogenic fungus Neofusicoccum luteum. Archives of Virology, accepté pour publication.
- Candresse, T., Faure, C., Theil, S., Spilmont, A.-S., Marais, A. (2017). First report of Grapevine hammerhead viroid-like RNA infecting grapevine (Vitis vinifera L.) in France. Plant Disease, First Look. DOI : 10.1094/PDIS-05-17-0716-PDN. [http://prodinra.inra.fr/record/402795]
- Marais, A., Nivault, A., Faure, C., Theil, S., Comont, G., Candresse, T., Corio-Costet, M.-F. (2017). Determination of the complete genomic sequence of Neofusicoccum luteum mitovirus 1 (NLMV1), a novel mitovirus associated with a phytopathogenic Botryosphaeriaceae. Archives of Virology, 162 (8), 2477-2480. [http://prodinra.inra.fr/record/396607]
- Candresse, T., Faure, C., Theil, S., Beuve, M., Lemaire, O., Spilmont, M., Marais, A. (2017). First Report of Grapevine asteroid mosaic-associated virus Infecting Grapevine (Vitis vinifera) in France. Plant Disease, 101, 1061. [http://prodinra.inra.fr/record/392878]
- Candresse, T., Marais, A., Theil, S., Faure, C., Lacombe, T., Boursiquot, J.-M. (2017). Complete Nucleotide Sequence of an Isolate of Grapevine Satellite Virus and Evidence for the Presence of Multimeric Forms in an Infected Grapevine. Genome Announcements, 5 (16), e01703-16. [http://prodinra.inra.fr/record/391382]