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Capture de grands fragments d’ADN par hybridation

Publié le 09/01/2018
Mots-clés : MICA - FOOD-2

de nouvelles perspectives sur la capacité à identifier de nouveaux micro-organismes et leurs capacités métaboliques

La capture de grands fragments d’ADN permet de reconstruire de grandes régions génomiques et de révéler une diversité génétique encore inconnue. Cette nouvelle approche permet de dépasser les limites des techniques actuelles notamment lors de l’exploration des microbiotes par metabarcoding ou par séquençage direct métagénomique.

L’identification des micro-organismes et de leurs capacités métaboliques demeure un enjeu majeur en écologie microbienne pour la compréhension du fonctionnement de tous les écosystèmes. Les approches actuelles ne permettent pas de lier facilement l’identité des micro-organismes aux fonctions qu’ils réalisent. Inversement, identifier des micro-organismes portant certaines capacités métaboliques peut s’avérer impossible.

Le développement d’une approche de capture par hybridation de grands fragments d’ADN couplée au séquençage permet de reconstruire de larges régions génomiques. Il est maintenant possible d’identifier facilement et précisément les micro-organismes ainsi que leurs capacités métaboliques. La technique est applicable sur tous types d’organismes permettant de révéler des régions génétiques difficiles à obtenir par les approches actuelles.

Les résultats ouvrent de nouvelles perspectives sur la capacité à identifier de nouveaux micro-organismes et leurs capacités métaboliques même s’ils sont peu abondants voire rares. De nouvelles fonctions peuvent être découvertes. Il apparaît possible de reconstruire des génomes de façon ciblée au sein d’échantillons complexes.

Deux brevets nationaux et deux internationaux ont été déposés dans le cadre du diagnostic environnemental et du diagnostic en santé. De nombreuses applications biotechnologiques sont également possibles avec la découverte de nouvelles activités enzymatiques par exemple.

Références bibliographiques :
Gasc, C. & Peyret, P. Revealing large metagenomic regions through long DNA fragment hybridization capture. Microbiome 5, 33 (2017).

Contact : Pierre Peyret (pierre.peyret@uca.fr), Unité MEDIS, Département MICA, Centre INRA de Recherche : ARA